合作医疗报销的范围主要有门诊补偿、住院补偿、大病补偿。以药物报销为例，甲类药物基本可以报销，部分乙类药物可报销，丙类药物不能报销;以住院报销为例，住院床位费或门(急)诊留观床位费也是可以报销的。
不过需要注意的是，以下内容不在新农合的报销范围内：
1. 自购药品费;
2. 超出《省新型农村合作医疗基本药物目录》的药品费用;
3. 挂号费、门诊病历工本费、出诊费、中药煎药费、救护车费、陪客床位费、包床费、特护费、会诊费、空调(含取暖)费、电视费、电话费、个人生活料理费、护工费等;
4. 非基本医疗(指特需门诊、专家门诊、床位费超过35元/日、医学美容、家庭病床等)的费用;
5. 打架斗殴、酗酒、吸毒、戒毒、性病、
工伤及从事劳务过程中所受伤害、交通事故、故意自伤自残、非生产性农药中毒、职业中毒、
医疗事故、违法违纪和他人原因引发的医药费用;
6. 流引产;
7. 各种整容、矫形、减肥、纠正生理缺陷和各种保健、预防性诊疗项目及药品费用;
8. 进行器官、组织移植、安装人工器官所需购买器官或组织的费用;
9. 未经物价和卫生部门批准的医疗服务、检查、治疗项目，以及擅自抬高收费标准所发生的一切费用;
10. 有挂名不住院或冒名顶替住院等欺诈的医药费用;
11. 已获得城镇职工基本医疗保险和城镇居民基本医疗保险补偿以及其他基本医疗保险补偿的;
12. 境外发生的医药费用;
13. 新型农村合作医疗其他规定的。
