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用人单位提交医疗机构休养证明，用人单位有异议的申请劳动能力鉴定委员会确认。根据《工伤
保险条例》第三十三条和各地规定，工伤停工留薪期，即停止工作治疗工伤期间，包括住院治疗和出院后休养期间，凭职工就诊的签订服务协议的医疗机构，或者签订服务协议的工伤康复机构根据职工伤情出具的休假证明，由用人单位按当地劳动部门《工伤职工停工留薪期分类目录》确定。
停工留薪期超过12个月或者有争议的，需经设区的市劳动能力鉴定委员会确认。设区的市劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期结论为最终结论。现工伤职工出院后需要休养三个月，向用人单位提交医疗机构休假证明，由用人单位按照所在省市《工伤职工停工留薪期分类目录》规定的期限作出休养时间决定并书面通知工伤职工，用人单位没有书面通知工伤职工的视为同意。
工伤职工对用人单位确定的休养时间有异议，申请劳动能力鉴定委员会确认。工伤职工停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。对“原工资”，《工伤保险条例》未定义，各地规定大致有两种计算方法：一是指加班费之外的工资；二是受伤前12个月平均工资。
《工伤保险条例》第三十三条 职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。
伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。
工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。江苏省人民政府《江苏省实施〈工伤保险条例〉办法》第二十五条工伤职工的停工留薪期应当凭职工就诊的签订服务协议的医疗机构，或者签订服务协议的工伤康复机构出具的休假证明确定。
停工留薪期超过12个月的，需经设区的市劳动能力鉴定委员会确认。设区的市劳动能力鉴定委员会确认的停工留薪期结论为最终结论。在停工留薪期间，用人单位不得与工伤职工解除或者终止
劳动关系。
法律、法规另有规定的除外。北京市劳动和社会保障局《北京市工伤职工停工留薪期管理办法》 第三条 工伤职工应及时将工伤医疗机构出具的诊断证明或者休假证明报送给所在单位。
由用人单位根据工伤医疗机构的诊断证明，按照《停工留薪期目录》（见附件），确定工伤职工的停工留薪期，并书面通知工伤职工本人。
