合作医疗报销的范围主要有门诊补偿、住院补偿、大病补偿。以药物报销为例，甲类药物基本可以报销，部分乙类药物可报销，丙类药物不能报销;以住院报销为例，住院床位费或门(急)诊留观床位费也是可以报销的。
不过需要注意的是，以下内容不在新农合的报销范围内：
1. 自购药品费;
2. 超出《省新型农村合作医疗基本药物目录》的药品费用;
3. 挂号费、门诊病历工本费、出诊费、中药煎药费、救护车费、陪客床位费、包床费、特护费、会诊费、空调(含取暖)费、电视费、电话费、个人生活料理费、护工费等;
4. 非基本医疗(指特需门诊、专家门诊、床位费超过35元/日、医学美容、家庭病床等)的费用;
5. 打架斗殴、酗酒、吸毒、戒毒、性病、工伤及从事劳务过程中所受伤害、
交通事故、故意自伤自残、非生产性农药中毒、职业中毒、
医疗事故、违法违纪和他人原因引发的医药费用;
6. 流引产;
7. 各种整容、矫形、减肥、纠正生理缺陷和各种保健、预防性诊疗项目及药品费用;
8. 进行器官、组织移植、安装人工器官所需购买器官或组织的费用;
9. 未经物价和卫生部门批准的医疗服务、检查、治疗项目，以及擅自抬高收费标准所发生的一切费用;
10. 有挂名不住院或冒名顶替住院等欺诈的医药费用;
11. 已获得城镇职工基本医疗保险和城镇居民基本医疗保险补偿以及
其他基本医疗保险补偿的;
12. 境外发生的医药费用;
13. 新型农村合作医疗其他规定的。
