虽然起诉期限和诉讼时效都设有一定的期间，且经过一定的期间都会对当事人发生某种不利的法律后果，但二者在本质上是两种不同的法律制度。
1、二者性质不同。
起诉期限是诉之合法的要件，即起诉能够被法院予以受理的法定条件，规定在行政诉讼法中，系诉讼程序法律制度;诉讼实效是诉之有理由的要件，即原告的诉讼请求能够成立的前提。诉讼时效属于民事实体法律制度，规定在《民法典》中。
《民法典》第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
2、二者立法目的不同。
行政诉讼法中之所以设立起诉期限，在于督促相对人尽快行使权利，提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。如果允许相对人任何时候都可以对行政行为申请救济，势必使行政行为一直处于被质疑和否定的状态，既影响了行政效率，又将给行政管理秩序带来混乱。民事实体法中规定诉讼时效，其目的在于经过法定期间使原权利人丧失权利，使长期存在的事实状态合法化，有利于经济秩序和法律秩序的稳定。
3、二者的起算时间不同。
行政诉讼的起诉期限从相对人知道或应当知道具体行政行为之日起计算，其采取的是客观行为的标准，强调“行为”;而诉讼时效的起算时间从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起，以当事人主观感知权利被侵害为标准，强调“权利”。
4、二者的期间有无变化不同。
起诉期限是一个固定期间，不存在中止、中断的情形。除非有正当事由，并由人民法院决定，才可以对被耽误的法定期限予以延长。而诉讼时效属于可变期间，只要具有法定事由，便可将其中止、中断和延长。
5、人民法院对二者超过法定期间的处理方式不同。
人民法院可以依职权审查起诉期限。相对人超过起诉期限起诉的，人民法院将裁定不予受理;受理后发现超过起诉期限的，裁定驳回起诉，即相对人丧失了起诉权。通常情况下，人民法院不主动审查诉讼时效问题。而且，它不是民事诉讼起诉的法定条件，当事人并不丧失起诉权。经人民法院审理超过诉讼时效的，判决驳回原告诉讼请求，即当事人丧失的是胜诉权。
诉讼时效要件是指适用诉讼时效的要件。
1、须有请求权的存在。诉讼时效是对请求权的限制，没有请求权，也就无从适用诉讼时效。
2、须有怠于行使权利的事实。诉讼时效是对权利人的督促，实际上也是对义务人的保护，如果权利人怠于行使权利经过一定的期间，又没有其他事由致使诉讼时效中断或中止，则诉讼时效产生法律效果。
3、怠于行使权利的事实持续存在，致使诉讼时效期间届满。届满有时又称为诉讼时效结束、诉讼时效完成。诉讼时效届满，权利人的胜诉权自动消灭。如果有使诉讼时效中断、中止的事实，诉讼时效还可以“拉长”，即中断时重新计算，中止时，将中止时间段剔除后继续计算。
《民法典》对诉讼时效制度作了完善：将现行两年的一般诉讼时效期间延长为三年。明确了不适用诉讼时效的情形包括请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；请求支付赡养费、抚养费或者扶养费等，并强调了诉讼时效的法定性。
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