确认劳动关系并不适用于仲裁时效。根据民法理论，“诉”有三类：确认之诉、给付之诉和变更之诉，在这三类“诉”中只有给付之诉和变更之诉适用诉讼时效制度，确认之诉不受诉讼时效限制。相关司法解释虽没有明确规定劳动关系确认是否适用仲裁时效，但按照民法理论中确认之诉不适用诉讼时效制度的法理精神，确认劳动关系案件应不受仲裁时效的限制。
（一）从劳动争议仲裁时效的规定看，劳动关系确认不适用仲裁时效制度
时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。同时，对劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议作出了不受一年诉讼时效期间限制的规定。仲裁委员会对符合下列条件的仲裁申请应当予以受理，并在收到仲裁申请之日起五日内向申请人出具受理通知书：
第一属于本规则第二条规定的争议范围；
第二有明确的仲裁请求和事实理由；
第三在申请仲裁的法定时效期间内；
第四属于仲裁委员会管辖范围。确认劳动关系争议属于劳动争议。从上述规定可以看出，劳动争议仲裁委员会对劳动者申请确认劳动关系是否在时效期间进行审查的前提是“用人单位与劳动者因确认劳动关系发生的争议”，若劳动者只申请劳动关系确认，并不存在与用人单位“发生争议”的问题，当然也就不适用仲裁时效的相关规定。因此，确认劳动关系虽属劳动争议的受案范围，但却不适用仲裁时效的相关规定。
（二）从民法原理分析，劳动关系确认不适用仲裁时效制度
劳动争议在救济途径上是民事处理的前置程序，其相关规定应适用民法的一般原理。
第一、从民事诉讼的角度讲，确认劳动关系是对劳动者和用人单位是否存在劳动关系这一法律关系的确认，属于民诉中的确认之诉，不受诉讼时效限制。
第二、确认劳动关系只是对法律关系的确认，并没有权利义务被侵害的情形，尽管一方当事人申请确认劳动关系是为了进行下一步的权利维护。
第三、申请确认劳动关系与将要进行的权利维护是两个诉，不能将下一个诉求中应该适用的法律规定放到确认之诉中适用，因为申请人提出确认请求不是在行使请求权，也不存在义务人履行义务的问题。
（三）从仲裁实践看，劳动关系确认若适用仲裁时效制度将产生难以逾越的法律障碍和无法解决的社会问题
仲裁实践中，确认劳动关系涉及社会保险缴纳、职业病诊断、工伤认定等劳动者权益的维护，若劳动关系的确认适用仲裁时效的制度规定，将会带来社会不公，不能实现法律效果和社会效果的统一。
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。该法第二条规定，因确认劳动关系发生的争议适用本法。社会保险行政部门受理工伤认定申请后，发现劳动关系存在争议且无法确认的，应告知当事人可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。因此，对于劳动者与用人单位没有签订书面劳动合同而与用人单位发生事实劳动关系的，若劳动者与用人单位因确认劳动关系而发生争议，应首先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
对劳动关系的确认机关，也有不同的声音。劳动行政部门在工伤认定程序中具有认定受到伤害的职工与企业之间是否存在劳动关系的职权。对此，笔者认为，劳动关系确认具有证据关联性、质证程序的严格性，且劳动关系确认有法律、行政法规的明确规范，这种请示的答复不具有普遍指导意义，而且这种请示的答复不是司法解释，其效力较低，劳动行政部门在工伤认定实践中也很难实行。因此，我们认为劳动行政部门在工伤认定程序中，不能越俎代庖，只能由法定机构确认劳动关系。
劳动争议仲裁时效，是指当事人因劳动争议纠纷向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求保护其合法权益的法定期间。诉讼时效是指权利人在诉讼时效期间内不履行权利，即丧失请求法院依实体法强制义务人履行义务的权利的民事法律制度。这两种时效制度既有共同点，也有不同之处。其共同点是：二者都属于丧失时效，即当事人在法定期间内不主张自己的权利则丧失法律保护的一种制度。但是，劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的争议事由是否超过仲裁时效，适用无需对方当事人提出，采取主动审查制度。如果认为当事人的仲裁申请超过时效，则作出不予受理的书面裁决、决定或者通知，即当事人超过仲裁时效，丧失的是“申诉权”。而当事人未提出诉讼时效抗辩，法院不应对诉讼时效问题进行释明和主动适用诉讼时效的规定予以裁判。如果当事人确已超过诉讼时效，法院只能判决驳回其诉讼请求，即当事人仍有诉权，只是丧失“胜诉权”而已。由此可见，法院审查认定诉讼时效是根据当事人的请求进行的，是被动的，而不是主动的。因此，法院在将劳动仲裁时效转化为诉讼时效后，对于当事人请求诉讼时效的审查认定，只能适用上述司法解释的规定。只仅仅规定了债权请求权，而并未规定“确认之诉”适用诉讼时效制度。当事人请求确认劳动关系属于确认之诉，法院在审理中只对劳动者与用人单位之间是否存在劳动关系的事实予以确定，而非裁判一方向另一方履行义务或行使权利。
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