个人所得税是以支付所得的单位和个人为扣缴义务人。另外国家税务总局《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函130号）对此也有明确规定：
根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。
转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。另外，对股权转让还要按规定缴纳印花税，非上市公司不以股票形式发生的企业股权转让行为，属于财产所有权转让行为，应按照产权转移书据缴纳印花税印花税税目税率表第十一项规定，产权转移书据应按所载金额的万分之五贴花。
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发155号）第十条进一步明确，财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
中华人民共和国个人所得税法主席令第44号第三条个人所得税的税率：五、特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
第六条应纳税所得额的计算：五、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。第八条个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。
当股权交易各方签订股权转让协议并完成股权转让交易后，向企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权转让变更登记手续。
股权交易各方已签订股权转让协议但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
个人转让股权的应纳税所得额为转让股权的收入额减除股权原值和合理费用后的余额，应纳税所得额乘以20%的税率即为个人应当缴纳的个人所得税数额，其计算公式为：股权转让应缴纳的个人所得税=（股权转让收入-取得股权所支付的金额-转让过程中所支付的相关合理费用）×20%.个人转让股权所得税按照公平交易价格计算并确定计税依据。如有下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：
1、申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
2、申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；
3、申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；
4、申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；5.经主管税务机关认定的其他情形。
在这种情况下，主管税务机关可采用以下方法核定：
（1）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实；
（2）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入；
（3）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入；
（4）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
有限责任公司股东转让出资的方式有两种：一是股东将股权转让给其它现有的股东，即公司内部的股权转让；二是股东将其股权转让给现有股东以外的其它投资者，即公司外部的股权转让。这两种形式在条件和程序上存在一定差异。
股权转让后及时办理股权变更
1、股权转让完成后，目标公司应当注销原股东的出资证明书，并新加入股东签发出资证明书，并需要修改公司章程和股东名册中有关股东的姓名、住处、出资额等。
2、有限责任公司变更股东的，应当自股东发生变动之日起30日内至工商部门办理变更登记。
需要强调的是，变更登记的同时应提交新股东的法人资格证明或自然人的身份证明及修改后的公司章程。
根据上述分析我们可以了解到，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。以上便是找法网编辑为您找到的自然人转让个人股权如何交税的相关内容。如果有其它的疑问，欢迎咨询找法网律师。
