自然人公司股份转让需要缴税。作为自然人股东，依据中华人民共和国个人所得税法及其实施条例的规定，自然人股权转让行为，转让方需要按“财产转让所得”计征个人所得税。即：以转让股权的收入额减除原值和合理费用后的余额，适用百分之二十的比例税率，计算缴纳个人所得税。但是，如果转让方以原价转让的，不交个人所得税。
（1）出售股权；
（2）公司回购股权；
（3）发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售；
（4）股权被司法或行政机关强制过户；
（5）以股权对外投资或进行其他非货币性的交易；
（6）以股权抵偿债务；
（7）其他股权转移行为。
国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知办理纳税（扣缴申报的时间进行了明确规定。具体区分两种情况：
（一）先履行纳税义务再办理股权变更登记手续
股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
（二）股权变更登记与纳税申报同时进行
股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写个人股东变动情况报告表并向主管税务机关申报。
（三）自然人股东转让股权应当自完成股权转让的次月七日内到主管地方税务机关申报缴纳股权转让个人所得税。扣缴义务人扣缴的税款应当在次月七日内向主管地方税务机关申报缴纳。
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