当事人不能自行约定诉讼时效的计算。根据《中华人民共和国民法典》第一百九十七条的规定，诉讼时效的期间、计算方法以及中止、中断的事由由法律规定，当事人约定无效。当事人对诉讼时效利益的预先放弃无效。
在司法实践中，由于民事案件千差万别，因此，具体到各个案件，其时效的起算点也不相同。通常有以下几种计算方法：
1、有约定履行期限的债权请求权，从期限届满之日的第二天开始起算。
2、没有履行期限的债权请求权，从债权人主张权利时起算；债权人给对方必要的准备时间的，则从该期限届满之日的第二天开始起算。
3、附条件的债权请求权，从条件成就开始起算。
4、附期限的债权请求权，从期限到达时开始起算。
5、请求他人不作为的债权请求权，应当自义务人违反不作为义务时起算。
6、因侵权行为而发生的赔偿请求权，从受害人知道或者应当知道其权利被侵害或损害发生时起算。
损害事实发生时，受害人知道的，从损害时起算；损害事实发生后，受害人才知道的，从知道时起算。在人身损害赔偿中，侵害当时即发现受伤的，从侵害当日起算；侵害当时未曾发现的，事后经检查确诊并证明是由该侵害引起的，从伤势确诊之日起算。诉讼时效期间的起算，法律有特别规定的，应依法律的特别规定。
下列请求权不适用诉讼时效的规定：
1、请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
2、不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；
3、请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；
4、依法不适用诉讼时效的其他请求权。
诉讼时效的期间、计算方法以及中止、中断的事由由法律规定，当事人约定无效。当事人对诉讼时效利益的预先放弃无效。
法律对仲裁时效有规定的，依照其规定；没有规定的，适用诉讼时效的规定。法律规定或者当事人约定的撤销权、解除权等权利的存续期间，除法律另有规定外，自权利人知道或者应当知道权利产生之日起计算，不适用有关诉讼时效中止、中断和延长的规定。存续期间届满，撤销权、解除权等权利消灭。
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