（一）、在第二次补充侦查案件中，如果人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件，应当决定不起诉。
（二）、《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条：人民检察院在审理案件时，可以要求公安机关提供开庭审理所必需的证据，如果存在非法收集证据的情形，涉及本法第五十四条规定的情形，需要其说明取证的合法性，由人民检察院审理，需要补充侦查的，可以由公安机关补充侦查或者检察院自行进行侦查。对于需要补充调查的，需在一个月内完成，补充调查以两次为限。补充侦查完毕并移送人民检察院后，人民检察院应当重新计算审查期限
(一) 、 要对犯罪嫌疑人正确定罪和处刑，就必须查清犯罪事实，才能做出正确的量刑。必须查清犯罪嫌疑人的犯罪事实是提起公诉的首要条件。
(二) 、证据确实、充分是认定犯罪事实的客观依据。人民检察院想要指控犯罪嫌疑人，就必须要有能够证明案件事实真相的确实、充分的证据。只要有一定数量的证据，就足够证明犯罪事实，就满足了证据充分的要求。
(三) 、依法应当追究刑事责任。
（一）、公安机关办理刑事案件程序规定第一百八十三条：经过侦查，发现具有下列情形之一的，应当撤销案件：
1、没有犯罪事实的;
2、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
3、犯罪已过追诉时效期限的;
4、经特赦令免除刑罚的;
5、犯罪嫌疑人死亡的;
6、其他依法不追究刑事责任的。
如果有犯罪事实，就要追究刑事责任，但是需要补充侦查的，检察院需要公安机关出侦查结果，然后根据结果做出决定，时间还是一个月不能延长。侦查结束之后可以考虑是否撤案。以上是法网小编为您详细介绍的关于刑事案件两次退侦后检察院怎么办的法律知识，如果还有什么法律疑问，建议咨询找找法网律师，他们会给您专业的建议。
