首先需要确定你所说的“投资协议”的性质。你叙述的入股协议听起来像借款协议。 若是类似借款的协议，适用诉讼时效的规定，但可中断、中止。
确认之诉是没有时效限制的。
确认之诉是指：
（一）民事诉讼中诉的一种。
当事人要求法院认定某种法律关系存在或者不存在的诉讼。当事人之间因为某种法律关系是否已经成立、现在是否存在产生争议，可以诉诸法院予以确认。
凡是原告要求法院肯定与被告之间存在一定的法律关系的，称为肯定的或积极的确认之诉;凡是原告要求法院否定与被告之间存在一定的法律关系，称为否定的或消极的确认之诉。
确认之诉的诉讼标的在于是否存在某种法律关系;诉讼理由是是否具有某种法律关系成立的事实和条件。特点是诉讼本身是要认定某种法律关系是否存在，而不确认具体的权利义务。它有时是给付之诉的前提和基础。
（二）确认某种行政关系存在和确认某种行政决定是不是无效的行政诉讼。
在行政诉讼中地位不太重要，但仍不失为一种独立的行政诉讼形式。法院在确认行政行为效力时，是确认其无效或完全无效，而不是部分无效或效力不足，后者属于否认之诉的内容。
法院确认的结果只对当事人双方有效，有时也对该诉讼的第三人有效。起诉人不能因为法院的确认判决产生对行政机关的某种权利。提起此种诉讼不需要适用行政救济穷尽原则。
但如果在否认之诉、实施之诉、完成之诉中也可得到或业已得到确认效果，则行政法院可拒绝接受当事人提起的确认之诉。
是，根据《民法典》第一百三十五条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。
其次，就该问题而言，如果证人能够证明所涉及案件符合延长诉讼时效的相关规定，那么法院在确认后会允许。根据《民法典》
第一百三十七条规定，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。但是，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间。
第一百三十八条规定，超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。
第一百三十九条规定，在诉讼时效期间的
最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
第一百四十条规定，诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。同时，提问者必须清楚一点，根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》
第二条规定，当事人违反法律规定，约定延长或者缩短诉讼时效期间、预先放弃诉讼时效利益的，人民法院不予认可。
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