补充协议的适用就是“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。已经存在的合同作为主合同不以“补充协议”的存在为前提，或者说不受“补充协议”的制约而独立存在。反之，“补充协议”必须以已经存在的合同的存在为前提，自身不能独立存在。尽管“补充协议”相对于主合同而言没有独立性，但是其本身也是协议。因此，“补充协议”的成立和生效与主合同的成立和生效的依据相同。
“协议补充”的内容应当是主合同中没有约定或者约定不明确的内容。包括质量、价款或者报酬、履行地点、履行期限、履行方式、履行费用的负担等。这也就是说，对于主合同中没有约定的内容，可以通过“协议补充”使其变成有约定；对于主合同中约定不明确的内容，可以通过“协议补充”使其变成约定明确。两者的目的都是为了主合同的履行。
1.补充协议效力大于合同效力。在签订合同的时候，合同中的内容如果对某些问题约定不明确的，可以签订补充协议进行约定，而补充协议的效力一般是大于主合同的。
2.当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。 找法网提醒您时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。
