特殊法人企业是相对于普通商事企业而言的。其特殊性表面上在于其受特别法律规范，经营管理方式特别，本质上在于其具有特别职能。从产权角度来说，特殊法人企业由国家单独出资，出资人唯一，这与国有独资公司一致，但特殊法人企业不采取公司的企业形式，不受公司法和一般商法规范的约束。特殊法人企业依照专门法律设立，受专门法律调整，一般不要求作商事登记，其具体组织机构也由特别法规定。
在经营上，特殊法人企业独立核算，但不负盈亏而靠财政维持，若有亏损由财政弥补。政府依法对其产品价格进行控制。目前在我国，特殊法人企业还停留在理论概念上，我们认为应当借鉴西方发达国家经验，推进特殊法人企业的专门立法，建立特殊法人企业制度。
需要明确的是，对于特别法人的认定，由于其设置的主体属性一般是国家机关或者基层组织，所以是不受公司法的相关规定来处理的，特别是对于法人的更换等行为，是可以由上级组织决定的，对于非营利性法人则需要按照公司法的相关规定来认定。
区别主要在于法人的适用不同，我国民法典规定，为公益目的或者其他非营利目的成立，不向出资人、设立人或者会员分配所取得利润的法人，为非营利法人。为公益目的或者其他非营利目的成立，不向出资人、设立人或者会员分配所取得利润的法人，为非营利法人。非营利法人包括事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等。
而特别法人是由政府全额出资并明确其法人地位，由国家通过专门的法规和政策来规范，不受公司法规范。这类国有企业被赋予强制性社会公共目标，没有经济性目标，也就是说，它们的作用是直接提供公共服务。像国防设施、城市公交、城市绿化、水利等，应该归入这类企业。这类企业需要由公共财政给予补贴才能维持其正常运行。
企业法人是以指营利为目的，从事生产经营活动的法人。根据我国现行法律，全民所有制企业、集体所有制企业和私营企业，有符合国家规定的资金数额、组织章程、组织机构和场所，能够独立承担民事责任，经主管机关核准登记，取得法人资格。在中华人民共和国领域内设立的中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业，具备法人条件的，依法经工商行政管理机关核准登记，取得中国法人资格。
非企业法人是指机关、事业单位和社会团体法人。其特点是：
（1）主要从事非经营活动
（2）不以营利为目的。
非企业法人包括以下三种：
（1）机关法人。指从事国家管理或行使国家权力，以国家预算拨款作为独立活动经费，具有法人地位的中央和地方各级国家机关。
（2）事业法人。指从事教育、科研等事业，拥有独立经费和财产的，具有法人地位的各种社会组织。
（3）社会团体法人。除机关、事业单位法人以外的由若干成员为共同目的而自愿结合成的社会组织。
企业法人和非企业法人都具备法人的基本要素，但两者有很大差别：
（1）设立的程序不同。企业法人一般经国家主管机关批准，依法向法人登记机关登记，即取得法人资格；而非企业法人是根据国家法律的规定或主管机关的行政命令而设立的。
（2）设立的目的和业务活动范围不同。这是企业法人与非企业法人的最根本区别。企业法人的最大特点是为营利而设立，直接从事生产经营；而非企业法人不是以营利为目的，而是为了从事国家行政管理、社会科学卫生事业和学术研究、社会公益活动等。
（3）终止的原因不同。企业法人终止的原因很多，其中最主要的方式是依法宣告破产，即当企业法人因经营管理不善造成严重亏损，资不抵债时，应依法宣告其破产；而非企业法人则不能以宣告破产作为其终止的理由。
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