确认合同效力案件不能调解。因为依据《民事诉讼法司法解释》第一百四十三条的规定，合同效力确认的诉讼属于确认之诉，是不适用调解制度的，应由法院进行判决。适用特别程序、督促程序、公示催告程序的案件，婚姻等身份关系确认案件以及其他根据案件性质不能进行调解的案件，不得调解。确认合同效力属于特别程序，是不能进行调解的。
确认合同效力纠纷有诉讼时效，确认合同效力的诉讼不属于相关法律规定不适用诉讼时效的情形，所以确认合同的效力是有诉讼时效期限限制的。找法网提醒您，确认合同的效力是有诉讼时效限制的，根据《民法典》规定，诉讼时效是三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起开始计算。
法律对确认合同效力的诉讼的诉讼时效期限没有特别规定，所以确认合同效力的诉讼也适用一般诉讼时效的三年期限，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。确认合同的效力是有诉讼时效限制的，根据《民法典》规定，诉讼时效是三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起开始计算。
向法院申请确认合同效力的，如果涉及财产的，依据诉讼标的数额按一定比例收取，不涉及到财产的，一般是50-100元。
《诉讼费用交纳办法》第十三条 案件受理费分别按照下列标准交纳：
财产案件根据诉讼请求的金额或者价额，按照下列比例分段累计交纳：
1.不超过1万元的，每件交纳50元;
2.超过1万元至10万元的部分，按照2.5%交纳;
3.超过10万元至20万元的部分，按照2%交纳;
4.超过20万元至50万元的部分，按照1.5%交纳。
