合同专用章是需要备案的。
根据《公安部印章管理办法》的规定，合同专用章属于该办法所称公章的范围，同时属于该办法所称的公章的范围的还有名称章以及财务、税务、发票等业务专用章。
该法还规定，企业、事业单位、民政部门登记的民间组织、村（居）民委员会和各协调机构及非常设机构需要刻制印章的，应当凭上级主管部门出具的刻制证明和单位成立的批准文本到所在地县级以上人民政府公安机关申请办理准刻手续。
该法第十条还规定，需要刻制印章的单位应当到公安机关批准的刻制单位刻制；刻制单位将刻制的印章向公安机关办理印鉴备案后，方准启用。
因此，合同专用章需要备案后才可启用，如未备案，不得使用，使用也是无效行为。
《印章治安管理办法》第三条
本办法所称印章指公章和具有法律效力的个人名章。
本办法所称公章是指国家权力、党政机关、司法、参政议事、军队、武警、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的民间组织，居（村）民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定名称章和冠以法定名称的合同、财务、税务、发票等业务专用章。
本办法所称具有法律效力的个人名章是指国家权力、党政、司法、参政议事、军队、武警、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的民间组织，居（村）民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定代表人及其财务部门负责人的名章。
