土地确权纠纷是土地纠纷中最常见的一种，也是最难处理的一种，一方面是由于利益交织，另一方面是情感背后涉及的广大交际圈。这时就需要政府以及双方当事人共同努力，尽量达到和解。那么土地确权纠纷解决存在困难的原因有哪些呢？接下来找法网小编就来为大家解答。
1、现有法律自相矛盾适用难。经过农地圈团队研究，当前的涉及土地流转的法律规范缺乏统一的立法指导思想和价值取向，造成法官处理土地流转纠纷时观点混乱，裁判不统一。
2、历时久远，事实认定难。一些案件由于历史久远，举证不足(当时是纸质办公，并没有电子记录等)导致认定事实困难，同时再考虑上土地部门的登记不规范，重复登、漏登等现象存在，使土地权属难以认定。
3、手心手背都是肉，案件处理难。任何一个案子判决，都不可能双方都满意，如果有这样的解决方案，根本也不用去法院。
4、情法交织，调解协调难。虽然农地圈经常说，法院就是讲法律的地方，不应讲人情。
5、判决容易执行难。土地流转后新的经营人已经进行了投资，不愿意交出土地履行法院判决；很多土地流转收益已经“落袋为安”，村民不愿返还，村集体又没有其他财产可供执行。
个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
法律依据：
《土地管理法》第十四条：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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