补充养老保险税收金额的计算方式是：补充养老保险费/补充医疗保险费扣除限额＝职工工资总额*5%，超限额的部分不得税前扣除。补充养老保险跟基本养老保险之间的区别体现在性质、缴费来源、缴费比例等方面的不同。
补充养老保险税收金额的计算公式：补充养老保险费/补充医疗保险费扣除限额＝职工工资总额*5%，超限额的部分不得税前扣除；
1.补充养老、医疗保险必须是以在本单位任职或受雇的全体员工为缴费对象（为部分员工缴纳不得税前扣除）；
2.“工资薪金总额”，是指企业实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除；
3.计提的补充养老保险费、补充医疗保险费不得税前扣除，但企业在年度汇算清缴结束前向员工实际支付的已预提汇缴年度补充养老保险费、补充医疗保险费，准予在汇缴年度按规定扣除。
补充养老保险跟基本养老保险之间有以下区别：
1.性质不同。
找法网提醒，基本养老保险是社会保险的一种，用人单位必须给职工上交基本养老保险，具有强制性；而补充养老保险既不是社会保险，也不是商业保险，不具有强制性和盈利性。
2.缴存人员不同。
养老保险是由国家、单位以及个人三个共同承担缴存，个人缴存额度很少，但最后所有权是归个人所有；补充养老保险只有企业缴费，职工不需要缴存任何费用。
3.缴费来源不同。
养老保险缴存费是员工缴存的基本工资里进行扣除的；而补充养老保险的费用主要是企业自有基金、奖励与福利基金；
4.缴存比例不同。
养老保险缴存比例一般是员工工资的8%~10%进行缴存；补充养老保险的缴费水平为5%~8%以内。
企业补充养老保险是指由企业根据自身经济实力，在国家规定的实施政策和实施条件下为本企业职工所建立的一种辅助性的养老保险。它居于多层次的养老保险体系中的第二层次，由国家宏观指导、企业内部决策执行。
