施工合同补充协议是有效，但是该补充协议需要签订书面协议，而且只能是主合同的补偿与说明，不能代替主合同。施工合同需要到建设部规定的部门进行备案，作为施工合同的补充协议，其应当尽量进行备案，补充协议一般是对价款的支付，计算和施工范围三方面进行补充。
建设工程合同补充协议是有效的，工程建设是需要签订书面合同的，而补充协议只是主合同的补充约定，不能代替主合同，所以只签订补充协议是无效的。
1、根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
2、找法网认为施工合同协议应该包含一下几项内容，甲乙双方的名称、施工的内容及施工、施工方式、施工工程价款的支付方式、施工期限、工程计价和结算、违约责任以及其他事项。其中一般是在施工内容及范围，价款的支付方式和计价结算方式这三个部分，针对原施工合同作出修改和补充。
工程名称：
工程地点：
发包人：
承包人：
签订日期：年月日
补充协议
发包人：（以下简称：甲方）
承包人：（以下简称：乙方）
经甲乙双方自愿、公平、友好协商，双方就年月日签订的就工程合同（以下简称为原合同）作如下补充协议：
1、写明具体补充的内容。
2、如有未尽事宜，双方另行协商。
3、此协议经双方签字盖章后生效，一式陆份，双方各执叁份，具有同等法律效力。
4、本协议生效后，即成为原合同不可分割的组成部分，除本协议中明确所作修改的条款之外，原合同的其余部分应完全继续有效。
甲方：乙方：
（盖章）（盖章）
法人代表或代理人：法人代表或代理人：
年月日年月日
施工合同和施工合同补充协议的区别表现在施工合同是原始的双方签订的施工协议，补充协议是在施工合同基础上进行的修改和补充。找法网认为，如果是招投标的施工合同，小伙伴们要注意，根据《招投标法》第46条，招标人和中标人在已经订立书面招投标施工合同之后，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，如果是招投标施工，施工合同补充协议违背了原始施工合同的实质性内容则是无效的。另外，其区别还表现两者具有从属性，因为施工合同的补充协议是建立在施工合同基础之上的，如果施工合同本身就无效的话，相应的补充协议一般也是无效的哦。
