根据《印花税暂行条例施行细则》第五条规定，条例第二条所说的产权转移书据，是指单位和个人产权的买卖、继承、赠与、交换、分割等所立的书据。
根据《财政部国家税务总局关于印花税若干政策的通知》（（财税〔2006〕162号）的规定，对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。
因此，土地使用权转让应按照产权转移书据缴纳印花税。
土地使用税按纳税人实际占用的土地面积，依照规定的税额计算征收。其计算公式为：
年应纳土地使用税税额=实际占用的土地面积×单位适用税额
月应纳土地使用税税额=年应纳土地使用税税额÷12
同一土地的土地使用权由几方共有的，由共有各方按照各自实际使用的土地面积的比例，分别计算其应缴纳的城镇土地使用税。
按照规定，土地使用税按年计算，分期缴纳。具体缴纳期限由省、自治区、直辖市人民政府确定。各省、自治区、直辖市税务机关根据当地情况，一般确定按月、季或半年等期限缴纳城镇土地使用税。
土地使用税的纳税地点为土地所在地，由土地所在地税务机关征收。
企业使用的土地不属于同一省(自治区、直辖市)管辖范围的，应由纳税人分别向土地所在地税务机关缴纳土地使用税。
在同一省(自治区、直辖市)管辖范围内，纳税人跨地区使用的土地，如何确定纳税地点，由各省、自治区、直辖市税务局确定。
新征用的土地，依照下列规定缴纳土地使用税：
(1)征用的耕地，自批准征用之日起满一年开始缴纳土地使用税；
(2)征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。
签订合同前我们需要对土地使用权转让方面有足够的了解，并且认真阅读合同或者协议内的条款，防止出现矛盾，以上就是土地出让合同变更协议印花税谁交的全部内容，如果您还有不懂的问题，可以咨询找法网律师，他们会给您专业的建议。
