运输合同纠纷属于民事案件
1、和解，即双方在针对争议部分进行沟通后相互理解达成共识。
2、协调，是指在有关部门的协调下，对争议部分予以明确，使争议双方能够解决争议问题。
3、仲裁，指对争议问题作出具有法律约束力的书面裁决，争议方可以根据合同约定或争议发生后达成的书面协议，提交仲裁机构对争议问题提请仲裁。
4、诉讼，这是对争议解决最终方式。争议方在合同中未约定仲裁条款，发生争议后又未达成书面仲裁协议的，可依法将争议提交人民法院受理，由人民法院依据司法程序通过调查、作出判决、采取强制措施等来处理纠纷。根据您的描述，建议您根据自身情况选取任意以上四种方式。
运输合同纠纷较一般合同纠纷复杂，它涉及到承运人是否正确履行合同、是否造成货物毁损、是否按时运到，收货人是否履行收货义务等。从便利审判与诉讼以及存在实际联系的角度出发，运输合同纠纷由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖是适宜的。目的地是指客、货运输的最终到达地。
运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。
采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：
(1)如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖;
(2)如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖;
(3)在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。
物流运输在地区经济发展中的重要作用越来越为人们所认识，为了规范市场，保护自己的权益，防范风险，签订物流运输合同时需注意事项如下：
1、物流合同的内容比较复杂，包括物流系统设计、具体物流运作标准、费用计算办法、对物流服务的特殊要求等；
2、不同物流合同对合同事项约定的差异比较大，并不是上述物流合同约定事项在每个物流合同中都是齐全的；
3、物流过程是一个长期的、合作的过程，合同必须对此加以体现，对物流环节出现纰漏时或由于一方的过错导致物流中断时，物流合同需要约定解决办法、费用及责任的承担。
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