按照《印花税暂行条例实施细则》第三条规定，条例第二条所说的建设工程承包合同，是指建设工程和勘察设计合同和建筑安装工程承包合同。建设工程承包合同包括总包合同、分包合同和转包合同。因此，总分机构之间签订的工程分包合同要缴纳印花税。
建筑工程印花税为合同金额的万分之三，A与B作为整体承接方，与委托人出现在同一合同中的情况下。A与B整体按照50万元的合同金额计算纳税，A与B之间的分摊可以按照合同中的分摊造价金额或者其他补充协议分摊，C公司按照50万的合同金额计算印花税缴纳。
印花税税率指的是我国现行印花税采用比例和定额两种税率。比例税率，是指应纳税额与应税凭证金额的比例，共分五档，即千分之一、万分之五、万分之三、万分之零点五和万分之零点三; 定额税率，是指每件应税凭证的固定税额。
比例税率适用于各类经济合同及合同性质的凭证、记载资金的帐薄、产权转移书据等应税凭证。这些凭证一般都载有金额，按比例纳税，金额大的多纳，金额小的少纳，既能保证财政收入，又能体现合理负担的税收原则。定额税率适用于其他营业帐簿、权利许可证照等。这些凭证不属资金帐簿或没有金额记载，按件定额纳税，可以方便纳税和简化税收征管。
在中华人民共和国境内书立、领受中华人民共和国所列举凭证的单位和个人，都是印花税的纳税义务人，应当按照规定缴纳印花税。具体有：
1、立合同人；
2、立据人；
3、立账簿人；
4、领受人；
5、使用人。
现行印花税只对印花税条例列举的凭证征税，具体有五类：
1、购销、加工承揽、建设工程勘查设计、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
2、产权转移书据；
3、营业账簿；
4、房屋产权证、工商营业执照、商标注册证、专利证、土地使用证、许可证照；
5、经财政部确定征税的其它凭证。
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