两份合同内容不一致的，法院会根据有效的那份合同进行判决。根据《民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
1、若两份合同均有效，但是签订时间有先后的，且基于同一合同标，同样当事人依法签订的，除当事人有特别约定的，则根据意思最近最新，一般以后签订的合同为准。
2、若两份合同签订时间一样，根据双方合同目的及实际履行情况，一般以实际履行的合同为准。
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
