合同有欠缺，但是约定了仲裁条款的，可以申请仲裁。
根据2021年实施的《民法典》第五百零七条规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。
《仲裁法》第四条规定，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
第十九条规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。
仲裁庭有权确认合同的效力。
《民法典》第五百零七条
合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。
《仲裁法》第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
《仲裁法》第十九条
仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。
仲裁庭有权确认合同的效力。
