员工告公司由公司进行举证。在劳动争议案件中，用人单位处于强势地位，劳动者普遍处于弱势地位，很多证据都在用人单位的掌控之中，用人单位作为用工主体方掌握和管理着劳动者的档案、工资发放、社会保险费缴纳、劳动保护提供等情况和材料，劳动者一般无法取得和提供，因此，为了确保举证责任分配的公平，对于特定事项法律规定了“举证责任倒置”。
根据《劳动争议调解仲裁法》第六条的规定，发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
《劳动争议调解仲裁法》第六条
发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
