医疗期满解除劳动合同不配合的，有下列处理方式：
1、满足员工应该享有的医疗期，公司可向当地劳动部门申请延长劳动期至二十四个月；
2、给予员工应得的工资、补偿金，公司依法给予病假期工资、补偿金、赔偿金；
3、安排对员工的慰问，以增加对公司的情感认同。
根据《劳动合同法》第四十条规定，有下列情形之一的，单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付劳动者一个月工资后，可解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整，仍不能胜任工作的。
《劳动合同法》第四十条
有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
