变更抚养协议的办理方式有：
1、双方协议变更；
2、一方以起诉方式要求变更。
根据《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一）》第五十七条规定，父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。
第五十五条规定，离婚后，父母一方要求变更子女抚养关系的，或者子女要求增加抚养费的，应当另行提起诉讼。
《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一）》第五十七条
父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。
第五十五条
离婚后，父母一方要求变更子女抚养关系的，或者子女要求增加抚养费的，应当另行提起诉讼。
