违章建筑的房屋租赁合同无效。因为违章建筑是指未取得拟建工程规划许可证，在规划区以外建设，其本质已经违反《土地管理法》等相关法律法规的规定。所以违章建筑的合同缺失了合同内容不能违反法律规定的有效要件，因此违章建筑的租赁合同属于无效合同。
根据《民法典》第一百四十三条的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
