夫妻三年不在一起不会自动离婚。夫妻分居几年都不会自动离婚。在我国离婚，只有协议离婚，和诉讼离婚这两种方式，只要没有办理离婚登记，或者被法院依法判决离婚，夫妻无论分居了多久，都不算是自动离婚。不过，如果双方是因为感情不和分居的，且分居的时间已经满两年的，则起诉离婚时，可以作为认定夫妻感情破裂的依据，法院调解无效的，会判决离婚。
《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解，或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：（一）重婚或者与他人同居；（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；（四）因感情不和分居满二年；（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条。
