如果员工因违规操作导致工伤的，那么也应该认定为工伤。违规操作不影响工伤的认定，按正常流程申报工伤，属于工伤的，先申报工伤事故认定，根据伤残鉴定等级结果和受伤者收入水平及个人等因素，才能确定具体赔偿项目和金额。
根据《工伤保险条例》第十七条规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
