1．起付线标准以下的医疗费用支付
统筹基金的起付线标准是指统筹基金支付参保职工住院医疗费用前，按照国家规定由个人先使用个人医疗账户资金负担医疗费用的一定额度。只有超过起付线标准的医疗费用，才由统筹基金按照一定比例支付。
根据《关于建立城镇职工基本
医疗保险制度的决定》，起付标准原则上控制在当地职工年平均工资的10%左右，起付标准以下的医疗费用，从个人账户中支付或由个人自付。其中，10%左右只是国家规定的一般标准，各地可在国家标准的基础上，根据本地情况合理调整统筹基金的起付线标准，如上海2010年统筹基金的起付线标准为1500元、北京2010年统筹基金的起付线标准为1800元。
起付线标准以下的门诊医疗费用(检查费、药费等相关费用)首先由职工个人医疗账户基金支付，职工个人医疗账户基金用完后，职工个人必须先自行承担起付费，统筹基金不用于支付门诊医疗费。
2．起付线标准以上、最高支付限额以下的医疗费支付
起付线标准以上的职工医疗费用由医疗保险统筹基金按照一定的比例支付，但统筹基金支付参保职工医疗费用并非无限制，而是有一定的最高支付限额，即年度内统筹基金参加医保职工医疗费用的最高支付额度。
根据《关于建立城镇职工
基本医疗保险制度的决定》，在起付标准以上、最高支付限额以下的医疗费用，主要从统筹基金中支付，个人也要负担一定比例，最高支付限额原则上控制在当地职工年平均工资的4倍左右。
统筹基金支付职工住院的大部分医疗费用，职工使用个人医疗账户基金支付一定比例的住院医疗费用，个人医疗账户基金不足支付的由职工个人自付。
最高支付限额以及在起付标准以上和最高支付限额以下医疗费用的个人负担比例，由统筹地区根据以收定支、收支平衡的原则确定。
另外，超出统筹基金最高支付限额的医疗费用，不在职工基本医疗保险范围内支付，而要由大额医疗保险、职工
补充医疗保险、
商业保险等支付。
3．医疗费支付的除外规定
职工参加基本医疗保险，因病、伤产生的医疗费用并非都由医疗保险基金支付。
因一些客观原因引起的病、伤医疗费用，由于具有专门的支付渠道或责任承担，而排除职工基本医疗保险的适用范围。
