个人在两家以上公司工作，应将其每月取得的两处或两处以上的工资先合并到一起，再按规定扣除2000元，计算缴纳个人所得税。
纳税人在两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，应于取得所得的次月十五日内，选择并固定在其中一处任职受雇单位所在地的主管地税机关办理自行纳税申报。
纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照个人所得税税率表（综合所得适用）按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用。
法律依据：《
中华人民共和国个人所得税法》第三条 个人所得税的税率：
一、综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率税率表附后；
二、经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率税率表附后；
三、利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
第四条 下列各项个人所得，免征个人所得税：
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
二、国债和国家发行的金融债券利息；
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
四、福利费、抚恤金、救济金；
五、保险赔款；
六、军人的转业费、复员费、退役金；
七、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费；
八、依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
九、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
十、国务院规定的其他免税所得。
前款第十项免税规定，由国务院报全国人民代表大会常务委员会备案。
