农民工工资超过5000按照超出金额的3%进行纳税。
个人所得税计算公式如下：应纳税所得额资收入金额－各项社会保险费－起征点（5000元）。应纳税额纳税所得*税率－速算扣除数。
超过5000的部分才会进行纳税，并且还有一定的专项扣除，因此只要没有超过的太多，都是不需要缴纳个税的。如果确实超过很多，农民工可以选择
自然人代开的政策，把劳动所得变化成为经营生产所得，然后通过园区，去享受自然人代开的个税核定政策，只需要缴纳总开票额的
2.5%就可以完全拿票收钱。比按照七级累进制计算便宜多了。法律依据：《
中华人民共和国税收征收管理法》第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。 第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。
纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
第六条 国家有计划地用现代信息技术装备各级税务机关，加强税收
征收管理信息系统的现代化建设，建立、健全税务机关与政府其他管理机关的信息共享制度。
纳税人、扣缴义务人和其他有关单位应当按照国家有关规定如实向税务机关提供与纳税和代扣代缴、代收代缴税款有关的信息。
第三十三条 纳税人依照法律、行政法规的规定办理减税、免税。
地方各级人民政府、各级人民政府主管部门、单位和个人违反法律、行政法规规定，擅自作出的减税、免税决定无效，税务机关不得执行，并向上级税务机关报告。
