专利申请权侵权后可以通过一下三个方式来解决：
1、协商与和解：专利权人和被控侵权人均可自行协商或在其他第三方的调解、斡旋下达成和解协议，解决纠纷。提出协商意向时一般可以向侵权方发送侵权警告函。这在我国专利法中并无规定，但在现实生活中却被经常使用，而且还常取到较好的作用。侵权警告信的写法可以根据不同情况，口气可以强硬，也可以缓和。一般应写明以下内容：??
(1)专利权人的专利号，专利的主要权项内容;
(2)对方的产品或方法侵害了该专利权，希望中止或禁止对方制造、销售和使用的行为;
(3)希望对方于何时就此作出答复;
(4)如果对方不作答复，专利权人可能采取的措施。
2、行政裁决或协调专利权人在侵权人侵权事实和证据充分确凿的情况下，可向专利局等有关行政部门举报，由其采取行政措施，对侵权人的侵权行为进行调查核实后作出行政处罚。在行政裁决过程中，有关专利行政部门基于有关当事人的申请，可对专利侵权的
民事责任进行调解。
3、向法院起诉：专利权人在发现侵权人侵犯其专利权后，亦可径自向侵权行为地、被告所在地等相关人民法院提起民事诉讼，要求停止侵权行为赔偿经济损失等。同时有权申请对侵权人的侵权事实和证据进行诉讼保全，申请法院强制令，禁止侵权人继续侵权行为。为保证经济赔偿的切实执行，专利权人在起诉的同时，可向受理法院申请对侵权人的等额财产进行诉讼保全。?? 向法院提起诉讼时，选择起诉的法院可以有：
(1)专利侵权纠纷案件，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为地包括：?? a.被控侵犯发明、实用新型专利权的产品的制造、使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地?? b.专利方法使用行为的实施地，依照该专利方法直接获得的产品的使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地;c.外观设计专利产品的制造、销售、进口等行为的实施地; d.假冒他人专利的行为实施地;?? e.上述侵权行为的侵权结果发生地。
(2)原告仅对侵权产品制造者提起诉讼，未起诉销售者，侵权产品制造地与销售地不一致的，制造地人民法院有管辖权;以制造者与销售者为共同被告起诉的，销售地人民法院有管辖权;销售者是制造者的分支机构，原告在销售地起诉侵权产品制造者制造、销售行为的，销售地人民法院有管辖权。
(3)专利权属纠纷案件，由被告住所地人民法院管辖。
(4)专利权
合同纠纷案件，由被告住所地或者
合同履行地人民法院管辖。
合同当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。做上述工作如果自己没有经验或能力，建议最好委托律师等专业人员代为处理，否则，也容易处于被动。因为处理专利侵权毕竟是专业性和程序性很强的。
