损害公司利益纠纷受诉讼时效影响，《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
而且，损害公司利益纠纷需要考虑物债两分原则。物债两分，是指物权行为不因债权行为的无效而无效就是典型的物债两分。简单来说甲乙签订房屋买卖合同，房屋已交付并完成过户登记，之后发现之前签的房屋买卖合同是无效合同，但房屋所有权移转不因买卖合同无效而无效，也叫物权行为的无因性，物权的独立性。
诉讼时效中断的事由有以下三个：
1、起诉。即权利人依诉讼程序主张权利，请求人民法院强制义务人履行义务。起诉行为是权利人通过人民法院向义务人行使权利的方式。故诉讼时效因此而中断，并从人民法院裁判生效之时重新起算。
2、请求。这里指权利人直接向义务人作出请求履行义务的意思表示。这一行为是权利人在诉讼程序外向义务人行使请求权。改变了不行使请求权的状态，故应中断诉讼时效。
3、承诺。即义务人在诉讼时效进行中直接向权利人作出同意履行义务的意思表示。基于义务人认诺所承担的义务，使双方当事人之间的权利义务关系重新得以明确，诉讼时效自此中断，并即时重新起算。认诺的方式有多种多样，包括部分清偿、请求延期给付、支付利息、提供履行担保等。
诉讼时效中断的法律效果。诉讼时效中断的事由发生后，已经过的时效期间归于无效，中断事由存续期间，时效不进行，中断事由终止时，重新计算时效期间。但如何确认中断事由的终止，因事由的性质有别而有所不同：
1、因请求或同意中断时效的，书面通知应以到达相对人时为事由终止;口头通知应以相对人了解时为事由终止。在时效期间重新起算后，权利人再次请求或义务人再次同意履行义务的，诉讼时效可再次中断。
2、因提起诉讼或仲裁中断时效的，应于诉讼终结或法院作出裁判时为事由终止;权利人申请执行程序的，应以执行程序完毕之时为事由终止。
3、因调解中断时效的，调处失败的，以失败之时为事由终止;调处成功而达成合同的，以合同所定的履行期限届满之时为事由终止。
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