对于合同专用章是有法律效力的，合同章一般代表合同的效力，而法人章可以认定为法人的签名，法人的签名也是代表合同效力的一种形式，一份合同当中既有合同章，又有法人章，并不影响合同的效力。对合同当事人而言，合同上加盖合同专用章，表明双方当事人对订立合同的要约、承诺阶段的完成和对双方权利、义务的最终确认，从而确定了合同经当事人双方协商而成立，并对当事人双方发生了法律效力，当事人应当基于合同的约定行使权利、履行义务。《民法典》第四百九十条规定：当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
（一）因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
1、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
2、用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
（二）因为公司的合同工作具有常规性、专业性、使用合同专用章可以实现合同的专项管理，更好地控制合同风险。因此公司在签订合同时加盖合同专用章，可以使得合同生效经过法律部门人员的审查把关，能够有效防止合同不经法律审查就直接对外签订生效问题的出现，能够更好的建立和完善合同避险制度，严格把控合同签订时的法律风险。
合同专用章，单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务；公章可以代替合同专用章使用。而关于合同专用章和公章的效力高下，实际上在使用过程中和司法实践中是一样的，对合同和协议而言具有同等法律效力。《民法典》（2021.1.1生效）第四百九十条规定， 当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。对于盖合同专用章和公章没有做出明确的限定。但这不说明使用合同专用章签合同生效，公章签合同不生效。实际上，公司的合同专用章和公司公章，在代表该公司对外签订合同时，均产生法律效力。
最高人民法院关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定（1998年4月9日最高人民法院审判委员会第974次会议通过 法释〔1998〕7号）第四条规定可以印证这一点。“个人借用单位的业务介绍信、合同专用章或者盖有公章的空白合同书，以出借单位名义签订经济合同，骗取财物归个人占有、使用、处分或者进行其他犯罪活动，给对方造成经济损失构成犯罪的，除依法追究借用人的刑事责任外，出借业务介绍信、合同专用章或者盖有公章的空白合同书的单位，依法应当承担赔偿责任。但是，有证据证明被害人明知签订合同对方当事人是借用行为，仍与之签订合同的除外。”因此，法人合同专用章和公章在签合同时都是有效的，盖公章不影响合同效力。
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