1、施工合同的效力问题；
2、合同无效是否应进行结算；
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；
5、工程款结算采取何种标准的问题；
6、诉讼中，造价司法鉴定（司法审价）的范围；
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
在签订合同之前， 承包人应当对工程的真实性、 可靠性及发包人的资信情况尽可能详细的了解， 必要时要做详尽的调查。 只有在工程合法、 相关手续完备及发包人资信情况良好的条件下， 承包人与之签订建设工程承包合同， 其合法权益才能得到最大限度的保障。
包括了解发包人的主体资格， 即其是否依法取得企业法人营业执照及相应的经营资格， 是否具有签订和缔约资格。再次了解工程是否是依法批准的合法项目，相关手续是否齐全。最后了解发包人的资质情况、 社会信誉、 财务状况如施工所需资金是否已经落实或可能落实等。
第一、仔细阅读和准确理解 “通用条款” 十分重要， 这一部分内容不仅注明合同用语的确切含义， 引导如何签订具体的合同条款， 更重要的是当具体条款中基本条款未作特别约定时，“通用条款” 中对应的条款会成为签约双方一致同意的合同约定。
第二、合同价款应当明确约定。 工期、质量、工程造价的约定， 是建设工程施工合同最重要的内容。
第三、详细约定工程预付款、 进度拨款和竣工结算程序。
第四、建设工程总承包合同应当具体约定发包人、 总承包人、 分包人相互关系及各自的责任。总包合同应当将各方关系和责任具体化， 便于操作， 避免纠纷。
第五、明确约定监理工程师等各方管理人员的职责和权限。 建设工程在施工过程中， 发包人、 承包人、 监理人参与与生产管理的工程技术人员和管理人员较多， 往往职责和权限不明确或不为他方所知， 造成各方不必要的纠纷。
第六、应当明确约定材料设备供应。
第七、不可抗力要量化。 合同“通用条款” 对不可抗力发生以后当事人责任、 义务、 费用等如何划分均作了详细规定。
第八、运用担保条款， 降低风险系数。在签订合同时，可以运用法律制度中的担保制度来防范或减少合同条款所带来的风险。 如承包人在向发包人提供履约担保的同时， 发包人也应该向承包人提供工程款支付担保。
第九、约定违约条款应当注意的情况。 应当约定违约金或赔偿金具体的数额和计算方式， 要具有可操作行，以防止事后争议。
第十、约定争议的解决方式应当注意事项。 争议的解决方式是选择仲裁方式， 还是选择诉讼方式， 签约双方应达成一致意见。
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