公章分为部门公章、行政公章等，不同公章代表的意思表示不同，因此不能代替合同章。
我国《民法典》第六百八十三条规定，机关法人不得为保证人，但是经国务院批准为使用外国政府或者国际经济组织贷款进行转贷的除外。以公益为目的的非营利法人、非法人组织不得为保证人。故仅加盖职能部门的公章不能直接确认该职能部门所在的法人或其他组织同意合同所设定的内容，或为合同的当事人。
公章是指机关、团体、企事业单位使用的印章。由于公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，所以各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同。根据刻制印章的种类不同，手续也不一样。
合同专用章是指在合同上加盖合同专用章是指合同当事人经过协商，在达成的书面合同上各自加盖本公司的合同专用印章的行为。公司合同专用章的法律意义:对合同当事人而言，合同上加盖合同专用章，表明双方当事人对订立合同的要约、承诺阶段的完成和对双方权利、义务的最终确认，从而确定了合同经当事人双方协商而成立，并对当事人双方发生了法律效力，当事人应当基于合同的约定行使权利、履行义务。
举出直接证据证明系其偷盖，既然对方是有预谋地偷盖，一般来说，当时偷盖的具体情况已经无法查证了，关键在事后的沟通过程中，公司可以考虑采取短信、录音等方式固定对方偷加公章的证据。
举出相反的证据证明偷加公章的内容不符合客观事实。一般来说，员工偷加印章制作的材料都是有利于自己一方的材料，比如有的员工擅自制作补充协议将自己的工资增加一倍，并偷偷加上公章;还有的员工制作承诺书，并加盖公章，在这种情况下，公司需要提供反证驳斥对方的主张，比如工资增加一倍的情况，可以举出原劳动合同、工资发放记录、税单等材料，结合当事人长期并未向公司主张增加的工资，这样公司提供的证据即形成了证据链，形成了法官的内心确认，一般来说证明力即高于偷盖公章形成的补充协议。
对偷盖公章证据的形成时间、公章和内容形成先后进行鉴定，因为有的员工为了使证据更有可信度，在制作证据的时候，将证据的形成时间提前了很大时间，还有的员工先加印章，后用电脑打印有利于自己的文字，笔者承办过类似的案件，鉴定下来后，员工的诉讼请求均被驳回，并承担相关鉴定费用。
公司请求证人出庭作证。这种情况往往证人均是公司的在职人员，其证言很难得到法院采纳。
如果员偷盖公章的行为已经违反了治安处罚法或者刑法，可以报警处理，由于公权力的界入，经过公安机关的调查，有可能还原事实真相。
公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征，是否盖有法人公章成为判断民事活动是否成立和生效的重要标准。除法律有特殊规定外（如发票的盖章），均可以公章代表法人意志，对外签订合同及其他法律文件，具有极高的法律效力，凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料均可使用公章。但是如果大公司有规定签合同必须用合同章就只能用合同章。
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