建筑工程欠款合同纠纷该的处理方式是当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；找法网提醒您，拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。
实施项目法人责任制，项目法人承担偿还工程欠款债务。工程建设指挥部依法设立，它具有独立诉讼主体，可以作为工程欠款诉讼主体。
根据原国家计划委员会颁布的行政规章《关于实行建设项目法人责任制的暂行规定》的规定，国有单位经营性基本建设大中型项目在建设阶段必须组建项目法人。
建筑工程欠款合同纠纷诉讼时效一般为三年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
