工程合同逾期付款应的处理方式：工程合同逾期付款，承包方和发包方协商，主张发包方按合同约定支付工程款。协商不成，可以到法院起诉，申请法院查封建筑的工程。主张发包方支付工程款并承担违约责任。
《民法典》规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，找法网提醒您，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
工程合同逾期付款违约金的计算原则如下：
1.合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。
2.违约金的计算依据是合同总价。
3.约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。
工程合同逾期付款诉讼时效是三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果在三年内，权利人未及时向法院起诉的，则对方享有诉讼时效的抗辩权。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
