拆迁补偿协议纠纷可以协商，理由如下：
1、拆迁补偿协议的本质是一种合同，依照合同性质，合同双方是可以进行平等协商，达成一致，自愿签订的。房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议；
2、补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
同时，按照相关法律规定，也只规定了房屋的最低价格。因此，如果对于拆迁补偿费不满意，可以与拆迁方进行沟通，表明自己的诉求。拆迁部门与
被拆迁人就补偿协议问题无法协商的，拆迁部门可以作出拆迁补偿决定，被
拆迁人对补偿决定不服的，可以申请复议或者提起诉讼。法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十五条
房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。
补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
第二十六条
房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起
行政诉讼。
