自然人股权转让公司的流程如下：
1、向其他股东发转让通知。
2、等待不购买答复。
3、等到其他股东不购买的答复后，签署股权转让协议。
4、通过股东会决议。
5、向工商登记部门申请变更。
股权转让款可以分期支付，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
股权转让协议是当事人以转让股权为目的而达成的关于出让方交付股权并收取价金，受让方支付价金得到股权的意思表示。股权转让是一种物权变动行为，股权转让后，股东基于股东地位而对公司所发生的权利义务关系全部同时移转于受让人，受让人因此成为公司的股东，取得股东权。
股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不等同于股权转让生效。股权转让合同的生效是指对合同当事人产生法律约束力的问题，股权转让的生效是指股权何时发生转移，即受让方何时取得股东身份的问题，即需要在工商管理部门进行相应的股东变更之后，该股权转让协议的受让一方才能取得股东身份。
公司股东在转让股权给他人的时候，往往需要当事人之间签订书面的转让协议。而签订的股权转让合同只要符合法律规定的，不违反我国合同法、公司法等法律规定的，合同就具有法律效力，受法律的保护。一般股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。
自然人在进行股权转让时，是需要依法交税的，需要缴纳的税种为：财产转让所得的个人所得税以及产权转移书据的印花税。个别股权转让还会涉及土地增值税，如果自然人所在企业的股权里面仅仅只有房屋、土地这些不动产，在采取一次性股权转让的情况下，或者股权转让金额等同于土地房地产的评估值，根据实质重于形式的原则需要交纳土地增值税。
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