仓储合同纠纷是指当事人之间因订立、履行、变更、终止仓储合同发生的权利义务纠纷。
在实践中，仓储合同纠纷主要有：
1、仓储物损毁纠纷，是指仓储物在保管人管理过程中发生损坏、灭失等情况时当事人之间产生的权利义务纠纷；
2、仓储费纠纷，是指当事人之间关于仓储费用的计算、支付等情况产生的纠纷。
仓储合同纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
一般来说有以下三种方法：
1、调解委员会进行调解
合同的双方当事人应当先进行友好协商，争取达成双方比较满意的协议。
2、在商事仲裁委员会进行商事仲裁
如果合同双方达不成协议，则可以由当地工商行政管理部门进行调解。
3、到法院诉权讼。
如果双方协商或经过工商行政部门调解不成的，可以选择仲裁或者向人民法院提起诉讼。
１、支付违约金
违约金是指一方违约应当向另一方支付的一定数量的货币。从性质上而言，违约金是“损失赔偿额的预定”，具有赔偿性，同时，又是对违约行为的惩罚，具有惩罚性。在仓储合同中，赔偿性违约金是指存货人与保管人对违反仓储合同可能造成的损失而做出的预定的赔偿金额。当一方当事人违约给对方当事人造成某种程度的损失，而且这种数额超过违约金数额时，违约的一方当事人应当依照法律规定实行赔偿，以补足违约金不足部分。惩罚性违约金，是指仓储合同的一方当事人违约后，不论其是否给对方造成经济损失，都必须支付的违约金。
违约金分为法定违约金和约定违约金两种。法定违约金是指法律或法规有明确规定的违约金。根据法律、法规对违约金的比例是否有明确规定，法定违约金又可分为两种。一是固定比率的违约金，即有关法规具体规定了违约金的交付比率；一是浮动比率的违约金，即有关法律只规定了违约金上下浮动界限的百分比，具体比例由当事人在此范围内约定。对于仓储合同，我国法律只规定了固定比率的违约金，而没有规定浮动比率的违约金。
约定违约金是指仓储合同当事人在签订合同时协商确定的违约金。约定违约金是仓储合同当事人的自主意思表示，没有比例幅度，完全由存货人与保管人协商确定。但是，当事人约定违约金既不能过高，也不能过低，过高会加重违约方的经济负担，过低又起不到其应有的督促当事人履行合同的作用。
法定违约金与约定违约金发生冲突时，应当是约定违约金优先适用，但在充分尊重约定的前提下，依诚实信用及公平原则，国家对约定违约金进行适度干预也是完全必要的。
２、损害赔偿
损害赔偿是指合同的一方当事人在不履行合同义务或履行合同义务不符合约定的情形下，在违约方履行义务或者采取其他补救措施后，在对方还有其他损失时，违约方承担赔偿损失的责任。作为承担违反合同责任的形式之一，损害赔偿最显著的性质特征即为补偿性。在合同约定有违约金的情况，损害赔偿的赔偿金是用来补偿违约金的不足部分，如果违约金已能补偿经济损失，就不再支付赔偿金。但是如果合同没有约定违约金，只要造成了损失，就应向对方支付赔偿金。由此可见，赔偿金是对受害方实际损失的补偿，是以弥补损失为原则的。
受害方的实际损失包括直接经济损失和间接经济损失。直接经济损失，又称实际损失，是指仓储合同的一方当事人因对方的违法行为所直接造成的财物的减少。如仓储合同中仓储物本身灭失或毁损，为处理损害后果的检验费、清理费、保管费、劳务费或采取其他措施防止损害事态继续扩大的直接费用支出等等。
间接经济损失，是指因仓储合同一方当事人的违约行为而使对方失去实际上可以获得的利益。它包括：利润的损失，主要是指被损害的财产可以带来的利润、利息的损失、自然孳息的损失等。
尽管违约方承担的是完全赔偿责任，但是损害赔偿也不能超过违反合同一方当事人于订合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。因此，在确定损害赔偿责任时，应注意避免损害赔偿的扩大。在违约行为发生时，受害一方当事人有及时采取防止损失扩大的义务，没有及时采取措施致使损失扩大的，无权就扩大的部分要求赔偿。
３、继续履行
继续履行是指一方当事人在不履行合同时，对方有权要求违约方按照合同规定的标的履行义务，或者向法院请求强制违约方按照合同规定的标的履行义务，而不得以支付违约金和赔偿金的办法代替履行。
通常来说，继续履行有下列的构成要件：①仓储合同的一方当事人有违约行为；②违约一方的仓储合同当事人要求继续履行；③继续履行不违背合同本身的性质和法律；④违约方能够继续履行。在仓储合同中，要求继续履行作为非违约方的一项权利，是否需要继续履行，取决于仓储合同非违约一方的当事人，他可以请求支付违约金、赔偿金，也可以要求继续履行。
４、采取补救措施
所谓补救措施，是指在违约方给对方造成损失后，为了防止损失的进一步扩大，由违约方依照法律规定承担的违约责任形式。如仓储物的更换、补足数量等等。从广义而言，各种违反合同的承担方式，如损害赔偿、违约金、继续履行等，都是违反合同的补救措施，它们都是使一方当事人的合同利益在遭受损失的情况下能够得到有效的补偿与恢复。因此，这里所称的采取补救措施仅是从狭义上而言，是上述补救措施之外的其他措施。在仓储合同中，这种补救措施表现为当事人可以选择偿付额外支出的保管费、保养费、运杂费等方式，一般不采取实物赔偿方式。
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