个人独资企业计算个人所得税的方法是先按照核定应税所得率计算出应纳税额，适用“个体工商户生产、经营所得”项目，然后到当地主管税务机关进行申报。个税税率在3%左右。
个人独资企业计算个人所得税：个人独资企业不缴纳企业所得税，而是缴纳个人所得税。《企业所得税法》第一条第二款规定：个人独资企业、合伙企业不适用本法。而适用《个人所税法》，按《个人所得税法》第二条第二款“个体工商户生产、经营所得”项目征收个人所得税。税务机关对个人独资企业个人所得税的征收方法有二种，一种是查账征收适用于会计核算比较齐全的，另一种是核定征收。具体采用哪种征收方法由主管税务机关确定。
【法律依据】
《个人所得税法》第十二条规定，纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。
个人独资企业计算个人所得税的税率规定：根据相关政策规定，个人独资企业无需缴纳企业所得税，而是缴纳个人经营所得税，而在园区注册，个税可享受核定征收，核定开票额的10%作为应纳税额，再根据五级超额累进制计算个税税率在0.5%-2.19%之间(年开票额在500万以内)，加上目前增值税1%和附加税，综合税率在3%左右。
个人独资企业计算个人所得税时可以扣专项扣除。个体户不交企业所得税，只交个税。找法网提醒大家，个体户不交企业所得税，只交个税。个税里是没有工会经费、福利费、职教费、业务活动费、广告宣传费等组织费用的。个体户算个税，业主和员工的处理方式是不一样的。个体户所得中，为自己干的业主，如果在个体户里拿工资，这个工资计入个体户经营所得，不得在个税税前扣除;为个体户打工的员工，工资计入个体户的工资薪金成本，可以在个税税前扣除。
