棚户区改造的补偿以宅基地使用权证书或建设用地使用权证书、国土部门房屋测绘数据为基础计算，补偿方式包括货币补偿和产权置换。棚户区改造的优惠政策包括减免对安置房建设项目行政的事业性收费、拆迁补偿契税先缴后返等。
棚户区改造的补偿通常分为货币补偿和产权调换两种方式。
1.货币补偿，被征收房屋价值补偿、搬迁费、临时安置费、停产停业损失补偿费、外迁补助费、其他补助费。
2.产权置换，一般是拆一还一。即拆一平米就补偿一平米。找法网提醒，一般对于棚户区改造，优先考虑的应该是原地回迁。
棚户区改造有如下优惠政策：
1.土地储备中心对危房棚户区土地实行收购，以净出让方式供地。净地出让后获得的出让收益，扣除按规定缴省的费用后，专项用于支付银行贷款本息和毛地收购资的周转以及危房棚户区安置房建设。
2.安置房住宅用地实施土地行政划拨，对改造后的房屋纳入产权产籍管理，办理商品房房照。
3.安置房建设项目行政事业性收费（以费还贷项目除外）全免，经营、服务性收费按最低限下浮50%收取（项明细附后）。
4.安置房房屋拆迁补偿契税先缴后返;对安置房住宅上靠标准户型增加的建筑面积部分，营业税等税种由地方税务部门向省申请暂缓缴纳。
棚户区改造应遵循以下原则：
1.以人为本、民生优先。从维护社会稳定、构建和谐社会的大局出发，以棚户区广大群众的利益为重，充分考虑并妥善解决棚户区低收入住房困难家庭的住房问题，给予政策倾斜和合理照顾，促进我市住房保障体系的建立，确保“住有所居”。
2.公开公正、和谐拆迁。依法保护棚户区各类房屋被拆迁居民的合法权益，做到群众参与、社会监督、阳光操作，减少拆迁矛盾和纠纷。
3.统筹兼顾，合理补偿。结合市情，因地制宜，处理好房屋拆迁过程中的各种利益关系，既要使拆迁困难家庭得到利益和实惠，又要做到合理控制拆迁成本。
4.统一性和连续性。与国家、省、市拆迁法规和政策相统一，注意新旧政策衔接，保持全市拆迁改造政策的连续性和稳定性，既要有利于推进棚户区改造，又要有利于非棚户区拆迁的顺利实施。
