商标许可使用协议需要备案。当事人应当在签订商标许可使用协议之日起三个月内到商标局备案。并携带商标使用许可合同，商标注册证，营业执照等证件。不进行备案的，不可以对抗善意第三人。
商标许可使用协议需要备案。根据《商标法》规定，商标许可人应当在签订商标使用许可合同之日起三个月内，将以下文件报送商标局备案：
1.由许可人和被许可人共同签署的《商标使用许可合同》原件；
2.由许可人和被许可人共同签署的《商标许可合同备案表》；
3.《商标注册证》复印件；
4.被许可人的《营业执照》或副本复印件。
找法网提醒您，商标许可使用合同的类型：
1.普通许可：“薄利多销”的形式
即许可人允许被许可人在规定的地域范围内使用合同项下的注册商标。同时，许可人保留自己在该地区内使用该注册商标和再授予第三人使用该注册商标的权利。
2.独占许可：可对抗商标所有人的独家使用
即在规定地域范围内，被许可人对授权使用的注册商标享有独占使用权。许可人不得再将同一商标许可给第三人，许可人自己也不得在该地域内使用该商标。独占许可的使用费比其他许可证要高得多，所以只有当被许可人从产品竞争的市场效果考虑，认为自己确有必要在一定区域内独占使用该商标才会要求得到这种许可。
3.排他许可：商标权人和被许可人使用的并行
在此种情况下，除许可人给予被许可人使用其注册商标的权利外，被许可人还可享有排除第三人使用的权利。
商标使用许可合同备案需要注意：
1.许可人必须是注册商标所有人，被许可人可以是自然人、法人或其他组织。
2.商标使用许可合同备案手续由许可人办理。
3.通过一份合同许可一个被许可人使用多个商标的，许可人应当按照商标的数量报送《商标使用许可合同备案申请书》，但可以只报一份商标使用许可合同副本。
4.通过一份合同许可多个被许可人使用一个商标的，许可人应当按照被许可人的数量报送《商标使用许可合同备案申请书》，但可以只报一份商标使用许可合同副本。
