1、当事人之间权利义务的关系不同
合作开发合同，当事人之间的权利义务是平行的，即当事人都承担类似的义务，又都有权请求和监督另一方履行相应的义务。
委托开发合同，当事人之间的权利义务是相对的，这与一般的双务合同相同，即委托人的主要义务也就是研究开发人的主要权利；研究开发人的主要义务即委托人所享有的权利。
2、当事人进行研究开发工作的方式不同
合作开发合同的当事人共同参加研究开发工作，具体表现为，合作各方可以共同进行全部的研究开发工作，也可以按合同的约定进行分工，分别承担不同阶段或不同部分的研究开发工作。
委托开发合同，则是一方进行物质投资和经费投入，另一方从事研究开发。
与此相联系，二者的合同主体也不同。合作开发合同，当事人各方大多为专门从事研究开发工作的科研单位，而委托开发合同，则一般是科研单位与企业之间的合作。
3、合同当事人签约目的不同
合作开发合同，当事人之间的权利义务关系是共同的，各方的目的是一致的，通过研究开发取得的成果是共有的，可以是共同共有，也可以是按份共有。
委托开发合同，委托人提供投资供另一方研究开发，其目的是为获得研究开发成果，用于其生产领域，获取经济效益；研究开发人从事研究开发工作的目的是为了获取报酬。委托开发合同的成果所有权依合同的约定在当事人之间进行不同程度的分享。
4、合同当事人分担风险的原则不同
合作开发合同，研究开发过程中出现的风险通常由各方当事人共同承担；委托开发合同，其开发风险则一般由委托人承担，也可依合同约定由双方分担。
委托合同，又称“委任合同”。是指受托人以委托人的名义和费用为委托人办理委托事务，而委托人则按约支付报酬的协议。委托合同的标的只限于法律行为，它是委托代理的发生根据。故受托人在委托权限内与第三人所为法律行为的后果完全由委托人承担。
其特征有：委托合同是典型的劳务合同；受托人以委托人的费用办理委托事务；委托合同具有人身性质，以当事人之间相互信任为前提；委托合同既可以是有偿合同，也可以是无偿合同；委托合同是诺成的、双务的合同。委托合同又称委任合同，是指委托人和受托人约定，由受托人处理委托事务的合同。
技术服务合同，是指服务方以自己的技术和劳力为委托方解决特定的技术问题，而委托方接受工作成果并支付约定报酬的协议。技术服务合同制度源自英美法，20世纪以后为大陆法各国所接受。一些国家的法律将其视为独立的技术合同类型，另一些国家将其与技术咨询合同视为同类，还有些国家将其作为技术转让合同的一种。
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