小产权房不是合法的房屋，所以一般不能办理房产证的。如果房屋所有人要办理房产证的，可以尝试申请房屋确权，经人民法院或者政府相关部门确权后，可以办理房产证。
第二百零九条 【不动产物权登记的效力】不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十一条 【不动产登记申请资料】当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
第二百三十四条 【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
依据民法典的规定，抵押人所有的房屋可以抵押。而房屋的所有权是以登记为准的，小产权房是不能办理登记的，所以不能抵押。
《中华人民共和国民法典》
第二百零九条 【不动产物权登记的效力】不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第三百九十五条 【抵押财产的范围】债务人或者第三人有权处分的下列财产可以抵押：
（一）建筑物和其他土地附着物；
（二）建设用地使用权；
（三）海域使用权；
（四）生产设备、原材料、半成品、产品；
（五）正在建造的建筑物、船舶、航空器；
（六）交通运输工具；
（七）法律、行政法规未禁止抵押的其他财产。
抵押人可以将前款所列财产一并抵押。
国家发产权证的叫“大产权房”，国家不发产权证的叫“小产权房”。大、小产权房的争议不在房屋所有权，而是土地使用权。对小产权的解释主要有3种：
（一）针对发展商的产权而言，将发展商的产权叫大产权，购房人的产权叫小产权，这种叫法是因为购房人的产权是由发展商一个产权分割来的。
（二）按房屋再转让时是否需要缴纳土地出让金来区分的，不用再缴土地出让金的叫大产权，要补缴土地出让金的叫小产权。按这种解释普通商品房就是大产权房，经济适用房就是小产权房。
（三）按产权证的发证机关来区分的，国家发产权证的叫大产权，国家不发产权证的，由乡镇政府发证书的叫小产权，又被称为乡产权，乡产权并不构成真正法律意义上的产权。
前两个解释的小产权是合法的，只要交足购房款，或转让时补缴土地出让金即可自由买卖，其法律规定较为明确。而第三个解释的小产权的法律属性存在较大争议，拿不到真正法律意义上的产权证。
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