绩效工资算不算在加班费要分两种情况。如果绩效工资是工资性质的，应算在加班费里。如果绩效工资是奖金的，不算在加班费里。恶意扣绩效工资是违法的。
绩效工资算要看其性质，如为工资性质，应当计入加班费计算基数，如绩效工资为奖金，则不计入加班费里。
绩效工资是以对员工绩效的有效考核为基础,实现将工资与考核结果相挂钩的工资制度,它的理论基础就是"以绩取酬"。企业利用绩效工资对员工进行调控,以刺激员工的行为,通过对绩优者和绩劣者收入的调节,鼓励员工追求符合企业要求的行为,激发每个员工的积极性,努力实现企业目标。
恶意扣绩效工资违法。
依据我国相关法律的规定，用人单位是不得克扣劳动者工资的，所以以绩效考核为名克扣工资是不合法的，劳动者可以投诉用人单位。
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
1.用人单位代扣代缴的个人所得税;
2.用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
3.法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
4.法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
找法网提醒您，恶意扣绩效工资可以仲裁。
发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。因此，劳动者可以采用协商、调解、仲裁、诉讼的方式解决。但是，劳动争议案件向法院提起诉讼之前必须先申请仲裁。
