（一）保密条款约定不完整的法律风险。一些企业为保证劳动合同完整性，约定有原则的保密条款，但对于商业秘密的划分及各种具体的责任约定都不明确，导致保密条款没有实质的操作价值。
（二）保密条款签订范围过广的法律风险。不少企业错误认为保密条款签订范围越广泛，对企业的商业秘密保护越有利，导致不少企业不分部门、不分工作性质要求全体员工签订保密条款或保密协议。然而这样的做法不仅会损害企业的商业秘密的秘密性，而且由于企业要求员工承担保密义务应当支付相应的保密费，给企业增加过重的负担。
一般来说，与企业签订保密条款或保密协议的员工包括：
1、高级研究开发人员、技术人员、经营管理人员。他们或者掌握着企业的核心技术，或者担任企业的主要管理工作，掌握着企业的重要经营信息，他们是签订保密协议的主要对象。
2、一般技术人员和关键岗位的技术人员。他们虽然不是最主要的人员，但是也有可能接触到企业的核心技术，也有必要与他们签订保密协议。
3、市场计划、销售人员。他们是经营决策的实施者，了解企业的营销计划、客户名单，因此企业也会与他们签订保密协议。
4、财会人员、秘书人员、保安人员等。他们都有可能由于岗位的原因了解到企业的商业秘密，如果不与他们签订保密协议，他们很可能有意或无意地泄露企业的商业秘密。
（三）缺乏对应的保密费支付的法律风险。保密条款为员工增加了负担，同时可能因此给员工未来的就业造成影响，一些合同还约定了相应的脱密期限制离职等，因此用人单位应当给予员工适当的保密费用为补偿。若缺乏对应的报酬，则保密条款或保密协议效力将受到质疑，由此产生无法实现保密效果属于严重的法律风险。
为完善保密事项，单纯依靠劳动合同的个别条款难以详细约定，企业应当针对特别需要严格限制的人员签订保密协议。这种划分的合理性、保密协议条款是否完善、保密制度配套等都是法律风险评估过程需要了解和考虑的内容。
员工保密协议是指用人单位针对知悉企业商业秘密的劳动者签订的要求劳动者保守用人单位商业秘密和与知识产权相关的保密事项的协议。一般包括对商业秘密保密和竞业协议两部分。劳动者履行对商业秘密保密义务的期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在。竞业协议就是《劳动合同法》规定的竞业限制条款，其期限一般不得超过二年。
用人单位与劳动者订立保密协议时，如未同时订立竞业限制协议，不能约定违约金，虽可主张损害赔偿，但举证难度大，不易于操作。因此，为了保护用人单位的合法权益，在与劳动者订立保密协议时，建议同时订立竞业限制协议，这样可以在协议中约定违约金。
商业秘密指不为公众所知悉，能为用人单位带来经济利益，具有实用性并经用人单位采取保密措施的技术信息和经营信息。不为公众所知悉，是指该信息是不能从公开渠道直接获取的。能为权利人带来经济利益、具有实用性，是指该信息具有确定的可应用性，能为权利人带来现实的或者潜在的经济利益或者竞争优势。采取保密措施，包括订立保密协议，建立保密制度及采取其他合理的保密措施。技术信息和经营信息，包括设计、程序、产品配方、制作工艺、制作方法、管理诀窍、客户名单、货源情报、产销策略、招投标中的标底及标书内容等信息。
《劳动法》第22条规定，劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。《劳动合同法》第23条规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
订立保密协议可以在劳动合同中直接约定保密条款，也可以与有关知识产权权利归属协议或竞业限制协议合订为一个合同，也可以单独签订保密协议。签订保密协议，应当遵循公平、合理的原则，保密协议的主要内容一般包括：保密的内容和范围、用人单位和劳动者双方的权利和义务、保密期限、侵犯商业秘密的赔偿责任等。保密协议可以在劳动者入职时签订，也可以在入职后协商签订。对拒不签订保密协议的劳动者，用人单位有权不予聘用。但是，保密协议不得违反法律、法规规定，协议条款所确定的双方权利义务不得显失公平。
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